Поиск консервативного региона в шести рамках считывания
Поздравляем — вы добрались до этого момента!
Теперь вы будете искать последовательность белка NS5 в геноме вируса Зика. NS5 — высококонсервативный вирусный белок. Он был загружен и подготовлен для вас из базы данных Uniprot.
Последовательность ДНК вируса Зика была транскрибирована в RNAStringSet под названием rnaframesZikaSet. Этот набор содержит шесть рамок считывания (по одной на последовательность), которые вам предстоит транслировать в аминокислоты. При поиске вы зададите аргумент max.mismatch в вызове vcountPattern(), чтобы сделать поиск более гибким.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F