Изучение качества последовательностей
Теперь ваша очередь выполнить контроль качества для fqsample. Это важный шаг перед дальнейшим анализом: он позволяет быстро выявить проблемы в данных.
Чтобы проверить значения кодирования для каждой буквы в quality(), используйте encoding():
encoding(quality(fqsample))
Для получения сводки оценки качества (QA) используйте qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Объект qaSummary уже создан для вас. Доступ к элементам QA осуществляется с помощью qaSummary[["nameElement"]], где nameElement — название нужного элемента.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)