Основные функции манипуляции последовательностями
Вы уже познакомились с наиболее распространёнными функциями манипуляции последовательностями:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
На практике эти функции позволяют работать с очень большими последовательностями.
Однако, чтобы наглядно увидеть результаты их работы в данном упражнении, вы будете использовать небольшой фрагмент. Объект zikv, который вы ранее выделили из генома Зика, содержит всего 30 оснований.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Инструкции к упражнению
Проверьте функции на объекте zikv:
- Разверните последовательность в обратном порядке.
- Получите комплементарную последовательность.
- Получите обратно-комплементарную последовательность.
- Транслируйте последовательность.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___