От табличных данных к геномным диапазонам
В видео вы познакомились со способами создания объектов GRanges. Диапазон GRange можно задать, указав его имя, начальную и конечную позиции (seqnames, start и end). Если данные хранятся в табличном формате, их также можно преобразовать в объект GRanges. Воспользуемся фреймом данных seq_intervals — именно в таком формате чаще всего хранятся интервалы последовательностей. Примечание: если вам удобнее, можно использовать tibble.
Вы преобразуете заранее подготовленный фрейм данных seq_intervals в объект GRanges с помощью функции as(). Эта функция была представлена в последнем видео — она принимает объект и имя класса, в который нужно его преобразовать.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Инструкции к упражнению
- Загрузите
GenomicRanges. - Выведите
seq_intervals, чтобы посмотреть, как он выглядит. - Преобразуйте
seq_intervalsв объектGRangesи назовите новый объектmyGR. - Выведите
myGR.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)
# Print seq_intervals
___
# Create myGR
___ <- ___(___, "___")
# Print myGR
___