Методы доступа GenomicRanges
В предыдущем упражнении вы создали объект GRanges на основе фрейма данных с базовой информацией. Сейчас вы узнаете, что GRanges умеет хранить гораздо больше!
Воспользуйтесь методами доступа, чтобы изучить объект GRanges — myGR. Из объекта GRanges можно извлечь такие характеристики, как названия хромосом, количество последовательностей, их имена, информацию о цепи, оценку, длину и многое другое.
Ниже приведены основные методы доступа для GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Полный список методов доступа можно найти с помощью команды methods(class = "GRanges").
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Инструкции к упражнению
- Получите информацию о последовательностях для
myGR. - Проверьте метаданные с помощью функции
mcols().
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___