Partiționarea genomului de drojdie
Genomele sunt adesea mari, însă interesul se concentrează de obicei pe regiuni specifice ale acestora. Prin urmare, trebuie să extragem un subset al genomului, izolând anumite porțiuni din el. Pentru a selecta un interval de secvență, folosește getSeq() și specifică numele cromozomului, precum și poziția de început și de sfârșit a intervalului.
Exemplul următor va selecta bazele din "chrI" de la poziția 100 până la 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Notă: names este opțional; dacă nu este specificat, funcția va returna toți cromozomii. Parametrii start și end sunt, de asemenea, opționali și, dacă nu sunt specificați, vor lua valorile implicite 1, respectiv lungimea secvenței.
Acest exercițiu face parte din cursul
Introducere în Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Folosește
getSeq()pentru a obține primele 30 de baze ale cromozomului M ("chrM") din obiectulyeastGenome.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___