Explorarea unui fișier fastq

Fișierele fastq conțin de obicei mii sau milioane de citiri și pot deveni foarte mari! Pentru acest exercițiu, vei folosi un sub-eșantion mic de tip fastq cu 500 de citiri, care încape ușor în memorie și poate fi citit în întregime cu funcția readFastq().

Fișierul de secvențe original provine din Arabidopsis thaliana, furnizat de UC Davis Genome Center. Numărul de accesare este SRR1971253 și a fost descărcat din Sequence Read Archive (SRA). Conține ADN din țesuturi foliare, reunit și secvențiat pe Illumina HiSeq 2000. Acestea sunt secvențe de tip single-read, cu o lungime de 50 de perechi de baze (bp).

fqsample este un obiect ShortReadQ și conține informații despre citiri, scoruri de calitate și identificatori. Acum e rândul tău să îl explorezi!