Filtrarea citirilor din mers!
Ce-ar fi dacă, din toate citirile unui fișier, te-ar interesa doar o parte dintre ele? Poți folosi un filtru!
Să zicem că te interesează doar citirile care încep cu modelul "ATGCA". O funcție de filtrare simplă poate rezolva această problemă, folosind funcția srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Această funcție, creată deja pentru tine, primește ca intrare un obiect derivat din ShortRead și returnează citirile care încep cu modelul "ATGCA". Hai să o punem în practică!
Acest exercițiu face parte din cursul
Introducere în Bioconductor în R
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___