ÎncepețiÎncepe gratuit

Extrage un eșantion dintr-un fișier fastq

Acum este rândul tău să extragi un eșantion dintr-o secvență cu multe citiri.

Vei folosi același fișier pe care l-ai citit în exercițiul anterior. Fișierul conține 500 de citiri, fiecare de 50 bp. Calea către fișier este stocată într-un obiect numit f.

Using FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() și yield() poți extrage 100 de citiri din fișierul tău de secvențe.

Acest exercițiu face parte din cursul

Introducere în Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

  • Încarcă ShortRead.
  • Folosește set.seed() cu valoarea 1234.
  • Folosește FastqSampler() cu fișierul fastq mic din f și selectează 100 de citiri.
  • Folosește yield() pentru a genera sub-secvența.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
Editează și rulează codul