Mai mult filtrare!
Excelent! Acum că ai exersat puțin filtrarea read-urilor, hai să folosim funcția polynFilter(). Această funcție selectează read-urile care conțin mai puțin decât un număr dat de nucleotide duplicate consecutive. De exemplu, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) va selecta toate read-urile care conțin mai puțin de 20 de A-uri. Parametrul nuc este un vector de caractere ce conține simboluri IUPAC pentru nucleotide sau valoarea "other" pentru toate simbolurile non-nucleotidice.
Obiectul fqsample este disponibil în spațiul tău de lucru.
Acest exercițiu face parte din cursul
Introducere în Bioconductor în R
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil