Cromozomul X al genomului uman
Este rândul tău să folosești pachetul TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene și să extragi informații din acesta. Ca în video, vei selecta toate genele de pe cromozomul X, folosind funcția genes() cu argumentul filter setat să selecteze instanțele unde tx_chrom = "chrX". Apoi, vei explora acest subset de gene.
Reține că filter primește o list() de condiții de filtrare pentru a selecta intervale genomice specifice.
Dacă dorești să testezi și alți filteri, numele valide pentru această listă sunt: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" și "exon_rank".
Acest exercițiu face parte din cursul
Introducere în Bioconductor în R
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg