Accesorii GenomicRanges
În exercițiul anterior, ai creat un obiect GRanges pornind de la un cadru de date cu informații de bază. Vei descoperi că GRanges poate stoca mult mai multe!
Folosește metodele de acces pentru a explora obiectul GRanges, myGR. Poți extrage caracteristici dintr-un obiect GRanges, precum numele cromozomilor, numărul de secvențe, numele fiecărei secvențe, informații despre catenă, scor, lungime și altele.
Următorii sunt accesorii de bază pentru GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Pentru o listă completă a accesorilor, poți consulta methods(class = "GRanges").
Acest exercițiu face parte din cursul
Introducere în Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Obține informațiile despre secvență pentru
myGR. - Verifică metadatele folosind
mcols().
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___