ÎncepețiÎncepe gratuit

Câte transcrieri?

Îți amintești din video cum am descoperit lungimea exonilor dintr-una dintre transcrierile genei noastre de interes? Acum e rândul tău să afli câte transcrieri are gena ABCD1. Poți face asta folosind:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Odată ce ai obținut toate transcrierile după genă, poți selecta orice genă după id-ul său. Id-ul genei ABCD1 este 215. Un mic sfat pentru a selecta informațiile despre o anumită genă este să folosești apostrofuri inverse în jurul id-ului genei, de exemplu transcripts$`215`.

Acest exercițiu face parte din cursul

Introducere în Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

  • Încarcă baza de date a transcrierilor umane în hg.
  • Pre-filtrează cromozomul X folosind seqlevels().
  • Obține toate transcrierile din hg după "gene", stochează rezultatele în hg_chrXt și afișează-le.
  • Selectează gena `215` din hg_chrXt folosind $.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Editează și rulează codul