De ce suntem interesați în tipare?

Create Your Free Account

By continuing, you accept our Terms of Use, our Privacy Policy and that your data is stored in the USA.

Acest exercițiu face parte din cursul

Introducere în Bioconductor în R

SkillTag.level.intermediateSkillTag.label

4.8+

În acest capitol, vei lucra direct cu Bioconductor. Bioconductor este depozitul specializat pentru software de bioinformatică, dezvoltat și întreținut de comunitatea R. Vei învăța cum să instalezi și să folosești pachete Bioconductor. Vei face cunoștință cu obiectele și funcțiile S4, deoarece majoritatea pachetelor din Bioconductor moștenesc din S4. În plus, vei folosi un set de date genomice reale ale unui fung pentru a explora pachetul BSgenome.

Exercise 1: Introducere în proiectul Bioconductor Exercise 2: Versiunea Bioconductor Exercise 3: BiocManager pentru instalarea pachetelor Exercise 4: Rolul S4 în Bioconductor Exercise 5: Definiția clasei S4 Exercise 6: Interacțiunea cu clasele Exercise 7: Introducere în biologia seturilor de date genomice Exercise 8: Descoperind genomul drojdiei Exercise 9: Partiționarea genomului de drojdie Exercise 10: Genomuri disponibile

Biostrings sunt containere eficiente din punct de vedere al memoriei pentru șiruri de caractere biologice. Biostrings include algoritmi de potrivire și alte utilitare pentru manipularea rapidă a secvențelor biologice mari sau a seturilor de secvențe. Vei descoperi cât de eficient poți lucra folosind containerele potrivite pentru secvențele tale. Vei învăța despre alfabete și manipularea secvențelor, folosind genomul mic al unui virus.

Exercise 1: Introducere în Biostrings Exercise 2: Explorarea secvenței virusului Zika Exercise 3: Containere Biostrings Exercise 4: Manipularea Biostrings Exercise 5: Manipularea secvențelor Exercise 6: De la un set la o singură secvență Exercise 7: Subsetting pe un set Exercise 8: Funcții comune de manipulare a secvențelor Exercise 9: De ce suntem interesați în tipare?

Exercițiul curent

Exercise 10: Căutarea unui tipar Exercise 11: Găsirea palindroamelor Exercise 12: Găsirea unei regiuni conservate în cele șase cadre de citire Exercise 13: Căutând o potrivire

Pachetele IRanges și GenomicRanges sunt, de asemenea, containere pentru stocarea și manipularea intervalelor genomice și a variabilelor definite de-a lungul unui genom. Aceste pachete oferă infrastructură și suport pentru multe alte pachete din Bioconductor, datorită funcționalităților lor bogate. Vei învăța cum să folosești aceste containere și metadatele asociate lor pentru manipularea secvențelor. Setul de date pe care îl vei analiza este o genă de interes din genomul uman.

Exercise 1: IRanges și structuri genomice Exercise 2: IRanges Exercise 3: Construirea obiectelor IRanges Exercise 4: Interacțiunea cu IRanges Exercise 5: Gena de interes Exercise 6: De la date tabulare la Genomic Ranges Exercise 7: Accesorii GenomicRanges Exercise 8: Mutația ABCD1 Exercise 9: Cromozomul X al genomului uman Exercise 10: Manipularea colecțiilor de GRanges Exercise 11: O fereastră de secvență Exercise 12: Este acolo?Exercise 13: Mai multe despre ABCD1 Exercise 14: Câte transcrieri?Exercise 15: Din obiect GRangesList într-un obiect GRanges

ShortRead este pachetul dedicat importului, manipulării și evaluării fișierelor fasta și fastq. Poți extrage subseturi, trunchia și filtra secvențele de interes și chiar genera rapoarte de calitate. Un bonus suplimentar spre finalul exercițiilor îți va oferi instrumente pentru evaluarea paralelă a calității – mai exact, pachetul Rqc. Vei lucra cu secvențe din genomul unei plante!

Exercise 1: Fișiere de secvențe Exercise 2: De ce fastq?Exercise 3: Citirea fișierelor Exercise 4: Explorarea unui fișier fastq Exercise 5: Extrage un eșantion dintr-un fișier fastq Exercise 6: Calitatea secvențelor Exercise 7: Explorarea calității secvențelor Exercise 8: Graficul calității bazelor Exercise 9: Creează propriul grafic al frecvenței nucleotidelor Exercise 10: Potrivire și filtrare Exercise 11: Filtrarea citirilor din mers!Exercise 12: Eliminarea duplicatelor Exercise 13: Mai mult filtrare!Exercise 14: Evaluare multiplă Exercise 15: Reprezentarea grafică a calității medii pe ciclu Exercise 16: Introducere în Bioconductor