ÎncepețiÎncepe gratuit

Căutarea unui tipar

Să găsim câteva apariții ale unui tipar în setul zikaVirus folosind vmatchPattern(). Apoi, să încercăm aceeași căutare folosind matchPattern() cu o singură secvență, zikv.

# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)

# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

Ambele funcții ar trebui să găsească același număr de apariții, dar vei observa că rezultatul afișat este diferit. Câte potriviri obții când rulezi fiecare căutare individual?

Acest exercițiu face parte din cursul

Introducere în Bioconductor în R

Vezi cursul

Exercițiu interactiv practic

Transformă teoria în practică cu unul dintre exercițiile noastre interactive

Începe exercițiul