Găsirea unei regiuni conservate în cele șase cadre de citire
Felicitări pentru că ai ajuns până aici!
Acum vei putea căuta secvența proteinei NS5 în secvența virusului Zika. NS5 este o proteină virală foarte conservată. A fost descărcată și încărcată pentru tine de pe Uniprot.
Secvența ADN a virusului Zika a fost transcrisă într-un RNAStringSet numit rnaframesZikaSet. Setul conține șase cadre de citire (câte unul per secvență), pe care le vei traduce în aminoacizi. La căutare, vei seta argumentul max.mismatch în apelul funcției vcountPattern() pentru a adăuga flexibilitate procesului.
Acest exercițiu face parte din cursul
Introducere în Bioconductor în R
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F