ÎncepețiÎncepe gratuit

De la date tabulare la Genomic Ranges

În videoclip ai învățat câteva moduri de a crea obiecte GRanges. Poți defini un GRange folosind numele intervalului, pozițiile de start și de sfârșit (seqnames, start și end). Dacă datele tale sunt în format tabelar, le poți transforma direct într-un obiect GRanges. Vom folosi un data frame numit seq_intervals, deoarece acesta este cel mai comun format în care sunt stocate intervalele de secvențe. Notă: poți folosi și un tibble, dacă ești mai familiarizat cu acesta.

Vei folosi data frame-ul predefinit seq_intervals pentru a-l transforma într-un obiect GRanges cu ajutorul funcției as(). Funcția as() a fost prezentată în ultimul videoclip – primește un obiect și numele clasei în care să îl convertească.

Acest exercițiu face parte din cursul

Introducere în Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

  • Încarcă GenomicRanges.
  • Afișează seq_intervals pentru a vedea cum arată.
  • Transformă seq_intervals într-un obiect GRanges și numește noul obiect myGR.
  • Afișează myGR.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Editează și rulează codul