Explorarea calității secvențelor
Este rândul tău să efectuezi un control de calitate pe fqsample. Acesta este un pas important înainte de a începe analizele ulterioare, pentru a identifica rapid eventualele probleme din date.
Pentru a verifica valorile de codificare ale fiecărei litere din quality(), folosește encoding():
encoding(quality(fqsample))
Pentru un rezumat de evaluare a calității (QA), folosește qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Acest qaSummary a fost deja creat pentru tine. Elementele QA pot fi accesate cu qaSummary[["nameElement"]], unde nameElement este numele elementului pe care dorești să îl inspectezi.
Acest exercițiu face parte din cursul
Introducere în Bioconductor în R
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)