Gráficos de trilha de cadeia de Markov

Um gráfico de trilha (trace plot) mostra o comportamento longitudinal de uma cadeia de Markov. Especificamente, um gráfico de trilha para a cadeia de $m$ plota o valor observado da cadeia (eixo y) em função do número da iteração correspondente (eixo x).

Você vai construir gráficos de trilha da cadeia de $m$ de duas maneiras: aplicando a função plot() ao objeto mcmc.list sleep_sim e, para ter mais controle sobre o gráfico (e também sobre análises nos próximos capítulos), aplicando ggplot() ao objeto data.frame sleep_chains. Tanto sleep_sim quanto sleep_chains estão no seu workspace:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Este exercicio faz parte do curso

Modelagem Bayesiana com RJAGS

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Instruções do exercicio

Aplique plot() a sleep_sim com density = FALSE para construir gráficos de trilha para as cadeias $m$ e $s$. OBSERVAÇÃO: As 10.000 Iterations registradas começam após um período de "burn-in" em que amostras são descartadas. Por isso, a contagem de Iterations não começa em 1!
Aplique ggplot() com uma camada geom_line() a sleep_chains para reconstruir o gráfico de trilha da cadeia de $m$.
Dê zoom: construa um gráfico de trilha com ggplot() das primeiras 100 iterações da cadeia de $m`.

exercicio interativo prático

Tente este exercicio completando este código de exemplo.

# Use plot() to construct trace plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a trace plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

# Trace plot the first 100 iterations of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

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