Meerdere ketens

Traceplots helpen ons de kwaliteit van een Markovketen-simulatie te beoordelen. Een "goede" Markovketen vertoont stabiliteit naarmate de keten langer wordt en consistentie over herhaalde simulaties, ofwel meerdere ketens. Je gebruikt RJAGS om hieronder vier parallelle ketens te draaien en traceplots te maken. Het gedefinieerde sleep_model staat in je werkruimte.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Bayesiaans modelleren met RJAGS

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Gebruik jags.model() om sleep_model te COMPILEn en 4 parallelle ketens te initialiseren. Sla de output op in een jags-object met de naam sleep_jags_multi.
SIMULEER een steekproef van 1.000 trekkingen uit het posteriormodel van m en s. Sla deze mcmc.list op in sleep_sim_multi.
Bekijk de head() van sleep_sim_multi. Let op de 4 list-items die de 4 parallelle ketens bevatten.
Gebruik plot() om traceplots te maken voor de meerdere ketens. Onderdruk de dichtheidsplots.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains

Code bewerken en uitvoeren