Dichtheidsplots van Markov-ketens

Waar een traceplot het longitudinale gedrag van een Markov-keten weergeeft, laat een dichtheidsplot de uiteindelijke verdeling van de ketenwaarden zien. De dichtheidsplot geeft daarmee een benadering van het posterior model. Je gaat dichtheidsplots maken en bekijken van de \(m\)-Markov-keten hieronder. Het mcmc.list-object sleep_sim en de sleep_chains-dataframe staan in je werkruimte:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Bayesiaans modelleren met RJAGS

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Pas plot() toe op sleep_sim met trace = FALSE om dichtheidsplots te maken voor de \(m\)- en \(s\)-ketens.
Gebruik ggplot() op sleep_chains om een dichtheidsplot van de \(m\)-keten opnieuw te maken.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Use plot() to construct density plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) + 
    ___()

Code bewerken en uitvoeren