Des gènes qui font la différence
Identifier des pics ChIP-seq, c’est utile, mais cela ne vous dit pas grand-chose sur ce qui se passe dans une cellule.
Dans cet exercice, vous aurez un aperçu de la manière dont les annotations du génome peuvent vous aider à interpréter des résultats ChIP-seq. Deux
ensembles de gènes ont été chargés dans votre session R. Le premier, ar_sets, contient la liste de tous les gènes associés
à des pics dans les tumeurs primaires et résistantes au traitement. Le second, db_sets, est un sous-ensemble du premier qui
ne contient que les gènes associés à des pics montrant des signes de liaison différentielle entre les deux conditions.
Vous utiliserez la fonction upset() du package UpSetR pour visualiser le chevauchement entre les ensembles de gènes des
échantillons de tumeur primaire et résistante au traitement.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Examinez les ensembles de gènes complets stockés dans l’objet
ar_sets. - Visualisez le chevauchement entre les deux groupes avec la fonction
upset(). - Examinez les gènes présentant une liaison différentielle.
- Visualisez le chevauchement des pics liés de manière différentielle entre les deux groupes avec la fonction
upset().
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))