Appels de pics
Les lectures sont dispersées sur tout le génome, mais les régions liées par la protéine d’intérêt attirent de nombreuses lectures qui se chevauchent, ce qui crée des pics de couverture. Ces pics sont généralement enregistrés avec leurs coordonnées génomiques ainsi qu’un score indiquant l’intensité du signal observé pour ce pic.
Un ensemble d’appels de pics a été chargé dans R pour vous. Les appels de pics sont stockés dans un objet GenomicRanges nommé peaks. En plus des fonctions habituelles pour accéder au contenu des objets GenomicRanges, deux fonctions pratiques sont disponibles pour les appels de pics. Vous pouvez utiliser la fonction chrom pour obtenir le chromosome sur lequel se trouve un pic et la fonction score pour obtenir son score.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Affichez un résumé de
peaks. - Utilisez la fonction
score()pour trouver l’indice du pic avec le score le plus élevé. - Extrayez les coordonnées génomiques du pic le mieux scoré à l’aide des fonctions
chrom()etranges().
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___