Configurer le modèle
Avant de pouvoir lancer la comparaison entre groupes, vous devez indiquer à DiffBind comment les échantillons sont répartis. Le plus simple est d’utiliser l’une des catégories prédéfinies que DiffBind associe aux échantillons. Elles incluent des regroupements courants comme la condition ou le tissu associé à chaque échantillon. Vous pouvez préciser celle que vous souhaitez utiliser via l’argument categories, en utilisant des constantes telles que DBA_CONDITION et DBA_TISSUE. La page d’aide de dba.contrast() présente la liste complète des constantes disponibles.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Examinez l’objet
ar_binding. - Identifiez la catégorie correspondant aux conditions Primary Tumor (primary) et Treatment Resistant (TURP).
- Définissez le contraste pour comparer les deux types de tumeur.
- Examinez l’objet
dba_peakspour confirmer que le contraste a été ajouté.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)