Quels pics sont différents ?

Voyons à quel point les échantillons diffèrent en termes d’appels de pics. En examinant les pics fusionnés que vous avez déjà manipulés, combien de pics sont partagés entre différents échantillons ?

Un graphique qui peut répondre à cette question est un diagramme de Venn. Vous pouvez le créer directement à partir de l’objet DBA avec la fonction dba.plotVenn(). Une alternative consiste à utiliser un UpSet plot, que vous pouvez générer avec le paquet UpSetR. Celui-ci remplace les ellipses d’un diagramme de Venn par une série d’histogrammes indiquant la taille de différents sous-ensembles. La fonction upset() requiert un data frame avec une colonne par ensemble, c’est‑à‑dire par échantillon, indiquant l’appartenance de chaque pic à l’ensemble. Les données nécessaires se trouvent dans le champ called de l’objet ar_diff.