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Lecture de fichiers BED

Dans cet exercice, vous allez charger des appels de pics à partir d’un fichier BED et utiliser les informations sur l’emplacement des pics pour extraire, depuis un fichier BAM, les lectures qui se chevauchent avec ces pics.

Cet exercice fait partie du cours

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Instructions

  • Utilisez la fonction import.bed pour charger les appels de pics depuis chr20_peaks.
  • Utilisez ces appels de pics pour créer un objet BamViews pour chr20_bam.
  • Chargez les lectures qui se chevauchent avec les appels de pics.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)

# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)

# Load the reads
reads <- ___(___)
Modifier et exécuter le code