Résumer les différences de liaison des protéines
Le dernier graphique des pics différentiellement liés que vous allez examiner dans cette leçon est un box-plot. Ce type de graphique est utile pour résumer la distribution des intensités de pics dans chaque échantillon. DiffBind fournit la fonction dba.plotBox() à cet effet. Les box-plots mettent en évidence la position de la médiane dans différents groupes ainsi que la dispersion des données autour de celle-ci. Le graphique produit par DiffBind compare les deux groupes (tumeur primaire et tumeur résistante au traitement), ainsi que des sous-groupes constitués des pics différentiellement liés. En plus du graphique, dba.plotBox() renvoie également des valeurs p pour les comparaisons par paires entre ces groupes.
Comme précédemment, les résultats de l’analyse de liaison différentielle sont disponibles dans ar_diff.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Créez un box-plot des intensités de pics.
- Examinez les valeurs p renvoyées. Quels ensembles de pics sont significativement différents les uns des autres ?
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)