Consolider les pics
Avant d’examiner comment annoter des appels de pics, il peut être utile de voir comment obtenir un jeu de pics fusionné qui regroupe les appels de tous les échantillons. Le package ChIPpeakAnno fournit la fonction findOverlapsOfPeaks() à cet effet. Elle permet de fusionner des jeux de pics, représentés sous forme de GenomicRanges, pour jusqu’à cinq échantillons.
Avant de pouvoir utiliser cette fonction, vous devez extraire les informations sur les appels de pics depuis l’objet ChIPQCexperiment que vous avez créé plus tôt. Vous pouvez récupérer les positions des pics via la fonction peaks(). Notez que cela renverra les appels de pics pour tous les échantillons, y compris ceux qui n’ont pas passé le contrôle qualité. Un vecteur contenant les indices des échantillons que nous avons retenus pour la suite de l’analyse lors de l’étape de QC est disponible sous qc_pass.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Extrayez les pics de l’objet ChIPQCexperiment.
- Écartez tous les échantillons qui ont échoué au QC.
- Recherchez les recouvrements entre jeux de pics avec la fonction
findOverlapsOfPeaks(). - Examinez le jeu de pics fusionné disponible sous l’entrée
mergedPeaks.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)