Tracer une région en détail
À vous de tracer une région génomique avec Gviz. Toutes les données de cet exercice proviennent du chromosome 20 d’un seul échantillon. Un idéogramme du chromosome 20 a été créé pour vous et est disponible sous le nom ideogram. Les lectures mappées ont déjà été converties en données de couverture. Ces informations sont disponibles sous forme d’objet GRanges appelé cover_ranges. Les appels de pics dans la région que vous allez tracer sont stockés dans l’objet peak_calls.
Le chargement de toutes les données et des packages R nécessaires peut prendre un instant. Merci de votre patience.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Créez des pistes d’annotation pour les appels de pics.
- Créez une piste de données pour la couverture des lectures.
- Affichez le graphique en montrant, de haut en bas, un idéogramme, la piste de couverture, la piste des appels de pics et un axe indiquant la position génomique.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)