Revoir l’ACP et la carte thermique
Maintenant que vous avez identifié les principales différences entre les échantillons, vous pouvez créer une autre série de visualisations pour les comparer. Elles ressemblent beaucoup à celles vues précédemment, mais cette fois vous n’utilisez que les pics différentiellement liés. Cela réduit le bruit dans le graphique et met mieux en évidence les différences. Les fonctions de visualisation de DiffBind ont un argument contrast qui vous permet de préciser quelle comparaison utiliser pour sélectionner les pics à tracer. Dans cet exercice, vous allez comparer les graphiques d’origine à leurs versions épurées.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)