Examiner de plus près les voies
Dans cet exercice, vous allez construire une URL qui renvoie vers une voie identifiée par l’analyse d’enrichissement et met en évidence les gènes présentant des pics ChIP-seq. Cela vous permet d’avoir une vue d’ensemble de la manière dont les gènes — ou plutôt les protéines qu’ils codent — interagissent entre eux et avec d’autres protéines. Avec un peu d’expérience, cela peut rapidement suggérer des mécanismes potentiels pouvant expliquer les différences entre les groupes de l’étude.
Le format général de ces URL est : https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Vous allez construire l’URL nécessaire pour afficher la voie la mieux classée par l’analyse d’enrichissement, en mettant en évidence les gènes associés aux pics. Les objets top_path et genes que vous avez créés précédemment sont disponibles dans l’espace de travail.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Ajoutez l’identifiant de la voie à l’URL.
- Regroupez les identifiants des gènes de la voie associés aux pics en une seule chaîne, séparée par
'+'. - Ajoutez la chaîne de sélection des gènes à l’URL.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")