Calculer la couverture
Il est temps d’étendre les reads à la longueur moyenne des fragments pour obtenir une meilleure estimation de la couverture. Étendre les reads permet de regrouper les lectures provenant des deux extrémités d’un fragment en un seul pic de couverture, ce qui aide à distinguer les pics du bruit de fond.
Le fichier BAM pour l’échantillon GSM1598218 que vous utiliserez dans cet exercice a déjà été chargé pour vous. La longueur moyenne des fragments pour cet échantillon est de 183 pb. Les reads sont disponibles sous forme d’objet GRanges nommé reads_gr.
Le chargement des données et des packages R nécessaires pour cet exercice peut prendre un moment. Merci de votre patience.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Étendez les reads à la longueur moyenne des fragments.
- Calculez la couverture des fragments.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)