Lecture de fichiers BAM

Pour commencer, vous allez importer dans R des reads alignés depuis un fichier BAM. Ces fichiers stockent, dans un format binaire compressé, les informations d’alignement entre les séquences lues et le génome de référence. Charger des données à partir de fichiers BAM est une tâche courante en analyse génomique.

Dans cet exercice, vous allez d’abord charger tous les reads d’un fichier BAM. C’est simple, mais cela peut consommer beaucoup de mémoire ; dans la seconde partie, vous apprendrez donc à ne charger que les reads d’une région d’intérêt.

Cet exercice fait partie du cours

ChIP-seq avec Bioconductor en R

Afficher le cours

Instructions

Chargez les reads du fichier chr20_bam avec la fonction readGAlignments().
Créez un objet BamViews pour chr20_bam couvrant la région 29 805 000 - 29 820 000 sur le chromosome 20.
Utilisez à nouveau readGAlignments() pour ne charger que les reads dans cette vue.
Examinez l’objet reads_sub avec str().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Modifier et exécuter le code