Graphique MA
Un graphique MA met en évidence les différences entre deux groupes par rapport à l’intensité moyenne du signal. C’est utile pour évaluer d’éventuels biais dans les données. En général, on ne s’attend pas à ce que la plupart des intensités de pics varient entre les conditions. Les points du graphique devraient donc se regrouper autour d’une ligne horizontale à 0, correspondant à l’absence de changement. Les graphiques MA permettent aussi d’avoir rapidement une idée visuelle de l’ampleur des différences entre groupes.
Comme pour les fonctions de visualisation utilisées plus tôt, DiffBind propose une fonction, dba.plotMA(), pour créer des graphiques MA qui extrait toutes les informations nécessaires de l’objet DBA.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Utilisez la fonction
dba.plotMA()pour créer un graphique MA. - Regardez le graphique. Notez que les différences significatives sont mises en évidence.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Create an MA plot
___(ar_diff)