Ajuster le modèle
Vous êtes maintenant prêt à réaliser l’analyse de liaison différentielle. Elle indiquera quels pics diffèrent significativement en intensité entre les deux types de tumeurs. Savoir quels pics varient entre les groupes constituera la base d’analyses complémentaires visant à déterminer les mécanismes sous-jacents à ces différences. Pour l’instant, intéressons-nous à l’identification des pics liés de façon différentielle. La fonction dba.analyze() de DiffBind vous permet de le faire. Dans l’exercice précédent, vous avez défini le contraste pour comparer les types de tumeurs. En utilisant l’objet contenant ce contraste, il vous suffit d’appeler dba.analyze() pour effectuer le reste du travail.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Examinez l’objet
ar_bindingpour confirmer qu’il contient le contraste requis. - Exécutez l’analyse de liaison différentielle.
- Examinez le résultat.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)