Associer les pics aux gènes

Vous êtes presque prêt à explorer plus en détail la relation entre les pics, les gènes et leur fonction. Mais commençons par examiner de plus près la façon dont les positions des pics se rapportent aux gènes. Le package chipenrich propose des fonctions de visualisation utiles à cet effet. L’objet peaks contient les coordonnées des pics que vous avez utilisées précédemment. La fonction plot_dist_to_tss() permet de tracer la distribution des distances entre les positions des pics et le site d’initiation de la transcription (TSS) des gènes.

La fonction plot_chipenrich_spline() vous permet d’évaluer la fréquence des pics en fonction de la longueur des gènes. En plus des fréquences observées, elle trace également la distribution attendue pour le test exact de Fisher, un modèle binomial et le modèle utilisé par la fonction chipenrich().