Visualiser les différences de liaison protéique
Le tracé PCA et le dendrogramme indiquent que les échantillons provenant de tumeurs primaires et de tumeurs résistantes au traitement forment chacun un cluster. C’est encourageant, mais cela ne vous dit pas grand-chose sur la nature de ces différences. Dans cet exercice, vous allez créer une carte thermique qui compare l’intensité des pics entre échantillons. Cela peut aider à mettre en évidence des motifs de liaison protéique qui distinguent des groupes d’échantillons.
L’ensemble des pics, consolidé à travers les échantillons, est disponible sous le nom peaks. Pour créer une carte thermique des pics à partir de cet objet, vous devez connaître
le nombre de pics présents dans le jeu de données. Les détails de l’ensemble de pics fusionnés sont disponibles dans l’entrée merged de peaks.
Cet exercice fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions
- Affichez l’objet
peaks. - Récupérez les coordonnées des pics fusionnés.
- Extrayez le nombre de pics présents dans les données.
- Créez une carte thermique avec la fonction
dba.plotHeatmap.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)