Ukládání Markovových řetězců
Nechť \(m\) je průměrná změna reakční doby po 3 dnech spánkové deprivace. V předchozím cvičení jsi získal/a přibližný vzorek 10 000 hodnot z posteriorního modelu \(m\). Výsledný objekt mcmc.list jsi uložil/a jako sleep_sim, který je načten v tvém pracovním prostředí:
sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
Vzorek hodnot \(m\) uložený v sleep_sim je závislý Markovův řetězec, jehož rozdělení konverguje k posterioru. Prozkoumáš obsah sleep_sim a pro lepší kontrolu nad analýzou ho uložíš do datového rámce.
Toto cvičení je součástí kurzu
Bayesovské modelování s RJAGS
Pokyny k cvičení
Podívej se na výstup funkce
head()aplikované na seznamsleep_sim.První položka seznamu
sleep_simobsahuje řetězce \(m\) a \(s\). Ulož je do datového rámce s názvemsleep_chains. Přidej proměnnouiter, která zaznamenává příslušné číslo iterace,1:10000, pro každý prvek řetězce.Prohlédni si prvních 6 řádků
sleep_chains.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Check out the head of sleep_sim
# Store the chains in a data frame
sleep_chains <- data.frame(___, iter = ___)
# Check out the head of sleep_chains