Více řetězců

Trace ploty nám pomáhají diagnostikovat kvalitu simulace Markovova řetězce. „Dobrý" Markovův řetězec bude vykazovat stabilitu s rostoucí délkou řetězce a konzistenci napříč opakovanými simulacemi, neboli více řetězci. Níže použiješ RJAGS ke spuštění čtyř paralelních řetězců a sestrojení příslušných trace plotů. Definovaný model sleep_model máš připravený v pracovním prostředí.

Toto cvičení je součástí kurzu

Bayesovské modelování s RJAGS

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Pomocí jags.model() ZKOMPILUJ model sleep_model a inicializuj 4 paralelní řetězce. Výstup ulož do objektu typu jags s názvem sleep_jags_multi.
NASIMULUJ vzorek 1 000 tahů z posteriórního modelu parametrů m a s. Tento objekt mcmc.list ulož do proměnné sleep_sim_multi.
Prohlédni si výstup funkce head() aplikované na sleep_sim_multi. Všimni si 4 položek seznamu odpovídajících 4 paralelním řetězcům.
Pomocí plot() vytvoř trace ploty pro více řetězců. Potlač zobrazení hustotních grafů.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains

Upravit a spustit kód