Trace ploty Markovova řetězce

Trace plot slouží k vizualizaci průběhu Markovova řetězce v čase. Konkrétně trace plot pro řetězec $m$ zobrazuje pozorované hodnoty řetězce (osa y) v závislosti na čísle iterace (osa x).

Trace ploty řetězce $m$ sestavíš dvěma různými způsoby: pomocí vestavěné funkce plot() aplikované na objekt mcmc.list s názvem sleep_sim a pomocí ggplot() aplikovaného na objekt data.frame s názvem sleep_chains, který ti dává větší kontrolu nad grafikou (i nad analýzami v dalších kapitolách). Oba objekty — sleep_sim i sleep_chains — máš k dispozici ve svém workspace:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Toto cvičení je součástí kurzu

Bayesovské modelování s RJAGS

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Aplikuj plot() na sleep_sim s parametrem density = FALSE a sestav trace ploty pro řetězce $m$ a $s. POZNÁMKA: 10 000 zaznamenaných iterací (Iterations) začíná až po tzv. "burn-in" fázi, ve které jsou vzorky zahozeny. PočítadloIterations` proto nezačíná od 1!
Aplikuj ggplot() s vrstvou geom_line() na sleep_chains a znovu sestav trace plot řetězce $m$.
Přibliž zobrazení: sestav trace plot pomocí ggplot() pro prvních 100 iterací řetězce $m$.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Use plot() to construct trace plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a trace plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

# Trace plot the first 100 iterations of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

Upravit a spustit kód