1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Bayesovské modelování s RJAGS
Connected

cvičení

Trace ploty Markovova řetězce

Trace plot slouží k vizualizaci průběhu Markovova řetězce v čase. Konkrétně trace plot pro řetězec \(m\) zobrazuje pozorované hodnoty řetězce (osa y) v závislosti na čísle iterace (osa x).

Trace ploty řetězce \(m\) sestavíš dvěma různými způsoby: pomocí vestavěné funkce plot() aplikované na objekt mcmc.list s názvem sleep_sim a pomocí ggplot() aplikovaného na objekt data.frame s názvem sleep_chains, který ti dává větší kontrolu nad grafikou (i nad analýzami v dalších kapitolách). Oba objekty — sleep_sim i sleep_chains — máš k dispozici ve svém workspace:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Pokyny

100 XP

  • Aplikuj plot() na sleep_sim s parametrem density = FALSE a sestav trace ploty pro řetězce \(m\) a $s. POZNÁMKA: 10 000 zaznamenaných iterací (Iterations) začíná až po tzv. "burn-in" fázi, ve které jsou vzorky zahozeny. PočítadloIterations` proto nezačíná od 1!

  • Aplikuj ggplot() s vrstvou geom_line() na sleep_chains a znovu sestav trace plot řetězce \(m\).

  • Přibliž zobrazení: sestav trace plot pomocí ggplot() pro prvních 100 iterací řetězce \(m\).