Розбиття геному дріжджів
Геноми зазвичай великі, але нас зазвичай цікавлять окремі їхні ділянки. Тому потрібно робити підмножини геному, витягуючи його частини. Щоб вибрати інтервал послідовності, скористайтеся getSeq() і задайте назву хромосоми та початок і кінець інтервалу.
Наведений нижче приклад вибере основи "chrI" з 100 по 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Примітка: параметр names необовʼязковий; якщо його не вказано, буде повернено всі хромосоми. Параметри start і end також необовʼязкові і, якщо їх не вказано, матимуть типові значення 1 та довжину послідовності відповідно.
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інструкції до вправи
- Використайте
getSeq(), щоб отримати перші 30 основ хромосоми M ("chrM") в обʼєктіyeastGenome.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___