Поширені функції для обробки послідовностей
Дотепер ви вивчили найпоширеніші функції для обробки послідовностей:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
У реальних задачах цими функціями можна опрацьовувати дуже великі послідовності.
Проте, щоб у цій вправі чітко побачити цінність і результат роботи функцій, ви використаєте невеликий піднабір. Об'єкт zikv, який ви раніше виділили з геному вірусу Зіка, містить лише 30 основ.
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інструкції до вправи
Протестуйте функції на zikv:
- Реверсуйте послідовність.
- Побудуйте комплементарну послідовність.
- Отримайте реверс-комплемент послідовності.
- Виконайте трансляцію послідовності.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___