Пошук консервативної ділянки в шести рамках зчитування
Вітаємо, ви дійшли так далеко!
Тепер ви зможете знайти послідовність білка NS5 у послідовності вірусу Зіка. NS5 — це дуже консервативний білок вірусу. Його вже завантажено для вас із Uniprot і підготовлено до роботи.
Послідовність DNA вірусу Зіка була транскрибована у RNAStringSet під назвою rnaframesZikaSet. Набір містить шість рамок зчитування (по одній на послідовність), які ви перекладете у амінокислоти. Під час пошуку встановіть аргумент max.mismatch у виклику vcountPattern(), щоб додати гнучкості у пошуку.
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F