ПочатиПочніть безкоштовно

Від табличних даних до Genomic Ranges

У відео ви дізналися способи створення об'єктів GRanges. Ви можете визначити GRange за назвою ділянки, початковою та кінцевою позиціями (seqnames, start і end). Якщо у вас є дані у вигляді таблиці, їх також можна перетворити на об'єкт GRanges. Скористаймося датафреймом seq_intervals, адже саме так зазвичай зберігають інтервали послідовностей. Примітка: ви також можете використати tibble, якщо вам так зручніше.

Ви використаєте заздалегідь підготовлений датафрейм seq_intervals, щоб перетворити його на об'єкт GRanges за допомогою функції as(). Функцію as() було представлено в останньому відео — вона приймає об'єкт і назву класу, до якого потрібно його перетворити.

Ця вправа є частиною курсу

Вступ до Bioconductor в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

  • Завантажте GenomicRanges.
  • Виведіть seq_intervals, щоб подивитися, як він виглядає.
  • Перетворіть seq_intervals на об'єкт GRanges, назвіть новий об'єкт myGR.
  • Виведіть myGR.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Редагувати та запускати код