ПочатиПочніть безкоштовно

Скільки транскриптів?

Пригадайте з відео, як ми визначали довжини екзонів в одному з транскриптів нашого гена інтересу. Тепер ваша черга з'ясувати, скільки транскриптів має ген ABCD1. Це можна дізнатися за допомогою:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Отримавши всі транскрипти за генами, ви можете вибрати потрібний ген за його ідентифікатором. Ідентифікатор гена ABCD1 — 215. Невелика підказка: щоб вибрати інформацію про конкретний ген, обгорніть ідентифікатор у зворотні апострофи, наприклад transcripts$`215`.

Ця вправа є частиною курсу

Вступ до Bioconductor в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

  • Завантажте базу даних транскриптів людини до hg.
  • Попередньо відфільтруйте хромосому X за допомогою seqlevels().
  • Отримайте всі транскрипти в hg за "gene", збережіть результат у hg_chrXt і виведіть його.
  • Виберіть ген `215` з hg_chrXt, використовуючи $.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Редагувати та запускати код