Фільтрування рідів на льоту!
А що, як із усіх рідів у файлі вас цікавлять лише деякі? Використайте фільтр!
Припустімо, вас цікавлять тільки ті ріди, що починаються з шаблону "ATGCA". Невелика функція фільтрування легко з цим впорається, використовуючи функцію srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Ця функція, яку вже створено для вас, приймає на вхід об'єкт, успадкований від ShortRead, і повертає ріди, що починаються з шаблону "ATGCA". Давайте застосуємо її на практиці!
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___