Дослідження якості послідовностей
Тепер ваша черга виконати перевірку контролю якості для fqsample. Це важливий крок перед подальшим аналізом, щоб швидко виявити проблеми з даними.
Щоб перевірити значення кодування для кожної літери у quality(), скористайтеся encoding():
encoding(quality(fqsample))
Для зведеної оцінки якості (QA) використайте qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Об'єкт qaSummary уже створено для вас. Елементи QA можна отримати через qaSummary[["nameElement"]], де nameElement — це назва елемента, який ви хочете переглянути.
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)