Вилучення дублікатів
Завжди корисно перевірити, чи ваші зчитування послідовностей не містять забагато дублікатів.
# Приклад із дублікатами, клас: ShortReadQ
dfqsample
# Отримайте ріди з dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Підрахунок дублікатів
table(srduplicated(mydReads))
Як ви вилучили б дубльовані ріди у файлі? Зверніть увагу, якою має бути умова у цьому фільтрі.
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Практична інтерактивна вправа
Перетворіть теорію на практику за допомогою однієї з наших інтерактивних вправ
Почати вправу