Витягніть підвибірку з файлу fastq
Тепер ваша черга отримати зразок із послідовності, що містить багато рідів.
Ви використаєте той самий файл, який читали у попередній вправі. Цей файл має 500 рідів, кожен по 50 п.о. Шлях до файлу збережено в об'єкті f.
Використовуючи FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() і yield(), ви можете вибрати 100 рідів із вашого файлу послідовностей.
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інструкції до вправи
- Імпортуйте
ShortRead. - Використайте
set.seed()зі значенням1234. - Використайте
FastqSampler()з невеликим файлом fastq, шлях до якого вf, і виберіть 100 рідів. - Використайте
yield(), щоб згенерувати підпослідовність.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load ShortRead
library(ShortRead)
# Set a seed for sampling
___
# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)
# Generate new sample yield
my_sample <- ___
# Print my_sample
___