1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Вступ до Bioconductor в R
Connected

Вправа

Витягніть підвибірку з файлу fastq

Тепер ваша черга отримати зразок із послідовності, що містить багато рідів.

Ви використаєте той самий файл, який читали у попередній вправі. Цей файл має 500 рідів, кожен по 50 п.о. Шлях до файлу збережено в об'єкті f.

Використовуючи FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() і yield(), ви можете вибрати 100 рідів із вашого файлу послідовностей.

Інструкції

100 XP
  • Імпортуйте ShortRead.
  • Використайте set.seed() зі значенням 1234.
  • Використайте FastqSampler() з невеликим файлом fastq, шлях до якого в f, і виберіть 100 рідів.
  • Використайте yield(), щоб згенерувати підпослідовність.