Ще трохи фільтрування!
Чудово! Тепер, коли ви попрактикувалися у фільтруванні рідів, скористаймося функцією polynFilter(). Вона відбирає ріди, що містять менше за задану кількість повторюваних нуклеотидів. Наприклад, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) вибере всі ріди, у яких менше ніж 20 A. Параметр nuc — це символьний вектор із IUPAC-символами нуклеотидів або значення "other" для всіх не-нуклеотидних символів.
Об'єкт fqsample доступний у вашому робочому середовищі.
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil